Der Gesamtverlauf des Mozart-Radweges (inklusive Abstecher nach St. Gilgen) ist in 16 Etappen eingeteilt. Keine ist länger als 50 km, teilweise sind die Etappen erheblich kürzer. Somit können sie je nach Lust, Laune und Kondition auch zusammengefasst werden.

Ergänzend dazu gibt es drei verschiedene Verbindungswege, die auch kürzere Rundtouren ermöglichen:

Zwischen St. Lorenz und Köstendorf: Mozart-Radweg Etappe 17

Zwischen Laufen, Freilassing und Kössen: Mozart-Radweg Etappe 18, 19 und 20

Zwischen Bad Reichenhall und Salzburg: Mozart-Radweg Etappe 21

Im Chiemgau kann – alternativ zu den Etappen 8 und 9 entlang des Chiemsees – auch die nördliche Variante über Seeon und Obing (Etappe 22 und 23) geradelt werden.